Scrat continua sua saga épica, atrás da noz que o levará através do universo, quando acidentalmente cria uma série de eventos cósmicos que ameaçam o mundo de "A Era do Gelo". Agora todos – incluindo Buck, Manny, Ellie, Sid e Diego devem trabalhar em equipe nesta jornada divertidíssima recheada de ação e novos personagens vívidos, que precisam superar esta Scrat-ástofre.

Miles Morales é um jovem negro do Brooklyn que se tornou o Homem-Aranha inspirado no legado de Peter Parker, já falecido. Entretanto, ao visitar o túmulo de seu ídolo em uma noite chuvosa, ele é surpreendido com a presença do próprio Peter, vestindo o traje do herói aracnídeo sob um sobretudo. A surpresa fica ainda maior quando Miles descobre que ele veio de uma dimensão paralela, assim como outras variações do Homem-Aranha.